환경공단-국세청, 1638억 세금 법정다툼

국세청, 공단 3차례 세무조사 부가세.법인세 등 거액 부과
통합환경공단 되기 전도 과세
옛 환경관리공단은 면세기관.. 법원 1심 환경공단 손 들어줘
국세청 항소에 남은 재판 관심

환경부 산하 준정부기관인 한국환경공단과 국세청이 수년째 법정다툼을 벌이고 있다. 정부 산하 기관과 세무당국이 세금문제로 대립하는 것은 이례적이다. 부가가치세와 법인세에 대한 추징규모를 놓고 양측은 다툼을 벌이고 있고 규모는 1638억5000만원에 달한다. 양 기관의 과세에 대한 해석이 다르기 때문인데 소송 가액만큼 소송 결과도 주목된다.

18일 환경공단 등에 따르면 국세청은 지난 2012년부터 지난해까지 환경공단에 3차례에 걸쳐 세무조사를 벌여 1638억5000만원의 세금을 부과했다.

환경공단은 2010년 1월 한국환경자원공사와 환경관리공단을 합쳐서 만든 조직인데 국세청은 '통합환경공단'이 되기 전후 모두 세금납부에 문제가 있다고 봤다.

1차 소송은 환경자원공사 시절 외주 가공을 하는 매입세액이 추징 대상이었다. 국세청은 부가가치세 135억원을 제대로 내지 않았다며 추징세액 135억원을 부과했지만 환경공단은 행정소송으로 불복했다. 소송은 1심과 2심에서 환경공단의 손을 들어줬다. 하지만 지난 3월8일 3심인 대법원은 국세청 일부 승소로 파기 환송했다. 55억원 부분은 정당한 추징이지만 공통매입세액 80억원은 공제를 해야 한다는 게 대법원 판결의 취지다. 다만 그 때까지 이와 관련한 합리적인 판례가 없어 환경공단과 국세청은 90%인 72억원을 환경공단에 돌려주는 것으로 조정했다. 환급가산금까지 포함하면 86억원이다.

2차 소송은 환경관리공단 때인 2004년~2009년 부가가치세 1368억원과 법인세 44억원 등 1412억원이 쟁점이다. 하지만 옛 환경관리공단은 설립 당시부터 세금을 납부하지 않는 면세기관이었다. 오염방지시설이나 수질 자동측정망 등이 정부 출연금으로 마련했기 때문에 부가가치세 신고를 하지 않아도 된다는 것이다. 반면 국세청은 환경공단으로 통합했다는 등의 이유를 근거로 그 동안 내지 않았던 부가가치세에 대해 과세해야 한다는 입장이다.

환경공단 관계자는 "통합된 후 세무조사가 나와 면세기간에 부가가치세를 신고하지 않았다며 신고불성실, 세금계산서, 납부세액에 대해 가산세와 본세를 부과한 것"이라고 주장했다. 결국 갈등은 부가가치세를 소송까지 갔지만 1심 법원은 올해 2월17일 환경공단의 손을 들어줬다. 이에 대해 국세청은 곧바로 항소를 한 것으로 알려졌다.

3차 소송은 통합 4년 뒤인 2014년 진행됐다. 추징세액은 47억원이다. 1638억5000만원 중 나머지 4억5000만원은 지난해 국세청이 감사원 감사를 받으면서 2015년 반영된 금액 중 빠진 4억5000만원이다.

환경공단은 일단 추징당한 금액을 내지 않으면 엄청난 납부 불성실 가산세 추가로 내야하기 때문에 은행에서 차입해 납부를 했다. 그래서 환경공단은 3월24일 이사회 의사록을 보면 '세무조사 추징세액 1634억원 반영 결손누적'이라고 나와 있다.

다른 환경공단 관계자는 "적정하지 않은 추징이라고 판단하므로 소송을 냈다"면서 "2심과 3심 판단도 비슷할 것"이라고 말했다.

[e-mail] 정지우 기자