연말정산 후 받은 의료비 환급금 가산세…국세청 "면제"

국세청 전경. 뉴시스

[파이낸셜뉴스] #. 세종시에 사는 근로자 이모 씨는 2022년 위암 수술로 총급여 4000만원 중 1200만원의 의료비를 지출했다. 이씨는 2023년 2월 연말정산에서 의료비 세액공제 162만원을 받았지만, 같은 해 9월 국민건강보험공단으로부터 의료비 환급금 500만원을 돌려받았다. 문제는 이 환급금이 연말정산 시점보다 훨씬 늦게 지급된 것이다. 이씨는 회사로부터 환급금을 차감하지 않은 과다공제 사실을 통보받았고, 가산세 16만원을 포함해 근로소득세 91만원을 추가로 납부하라는 안내를 받았다. 이씨는 연말정산, 종소세 신고 이후 받아 환급금액을 몰라 이를 차감할 수 없었지만 가산세를 물게 된 것이다.

국세청이 앞으로 뒤늦게 의료비를 환급받았더라도 환급금에 대한 가산세를 부과하지 않는다.

11일 국세청은 국민건강보험공단의 '본인부담상한제 환급금(의료비 환급금)'에 대해 과다공제자에게 적용되는 가산세를 부과하지 않겠다고 밝혔다. 이같은 결정은 국세청이 감사원에 컨설팅을 요청하고 그 결과를 반영한 것이다.

현행 세법상 '의료비 환급금'은 의료비 세액공제 대상이 아니다. 세액공제 제도 목적이 근로자의 실질적인 의료비 부담 절감이어서 환급 받았다면 공제 대상 의료비에서 제외해야 한다.

따라서 연말정산(3월), 종합소득세 신고(5월) 때 의료비에서 차감하고 신고해야 한다. 하지만 건보공단은 지출연도 다음해 8월말 이후 환급금을 결정하고 지급한다. 환급금을 받은 납세자는 신고기한까지 환급 금액을 알 수 없다. 과다공제가 발생할 수 밖에 없고 가산세를 물게 된다.

국세청은 "감사원과 협업한 결과, 의료비 환급금을 뒤늦게 수령한 경우에는 납세의무자에게 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과하지 하지 않는 게 게 합리적이라는 결정을 내렸다"고 밝혔다.

국세청은 또 의료비 환급금 가산세를 납부한 경우, 경정청구도 가능하다고 밝혔다.

다만 경정청구는 신고기한으로부터 5년만 가능하기 때문에 2019년 귀속(2020년 5월31일 신고기한) 이후분 부터 가능하다.

[e-mail] 김규성 기자